伏見は東山から連なる丘陵の最南端で、南には巨椋池が広がる。水運により大坂と京都とを結ぶ要衝の地でもあった。
伏見城の原形ともいえる施設は、豊臣秀吉が1591年（天正19年）に関白の位と京都における政庁聚楽第を豊臣秀次に譲った際に、自らの隠居所として伏見の地に築いた屋敷である。
伏見城の原形ともいえる施設は、豊臣秀吉が1591年（天正19年）に関白の位と京都における政庁聚楽第を豊臣秀次に譲った際に、自らの隠居所として伏見の地に築いた屋敷である。指月に築かれた伏見城は、1596年（文禄5年）に完成するが、その直後に慶長伏見地震によって倒壊した。このため、指月から北東約1kmの木幡山に新たな城が築き直されることになり、翌1597年（慶長2年）に完成した。しかし、秀吉はその1年後の1598年（慶長3年）に城内で没した。
秀吉の死後、その遺言によって豊臣秀頼は伏見城から大坂城に移り、代わって五大老筆頭の徳川家康がこの城に入り政務をとった。
関ヶ原の戦いの際には家康の家臣鳥居元忠らが伏見城を守っていたが、石田三成派の西軍に攻められて落城し建物の大半が焼失した。
焼失した伏見城は1602年（慶長7年）ごろ家康によって再建され、1619年（元和5年）に廃城とされた。このとき建物や部材は二条城、淀城、福山城などに移築された。
伏見城の跡には元禄時代ごろまでに桃の木が植えられて桃山と呼ばれるようになり、現代に至り伏見城は桃山城あるいは伏見桃山城とも呼ばれるようになった。