京都府京都市伏見区醍醐東大路町にある、真言宗醍醐派総本山の寺院。山号を醍醐山（深雪山とも）と称する。本尊は薬師如来、開基（創立者）は理源大師聖宝、古都京都の文化財として世界遺産に登録されている。伏見区東方に広がる醍醐山（笠取山）に200万坪以上の広大な境内をもち、豊臣秀吉による「醍醐の花見」の行われた地としても知られている。
創建は貞観16年（874年）、空海の孫弟子にあたる理源大師聖宝が准胝観音並びに如意輪観音を笠取山頂上に迎えて開山。聖宝は同山頂付近を「醍醐山」と名付けた。山深い醍醐山頂上一帯（上醍醐）を中心に、多くの修験者の霊場として発展した後、醍醐天皇は醍醐寺を自らの祈願寺とすると共に手厚い庇護を掛け、その圧倒的な財力によって醍醐山麓の広大な平地に大伽藍「下醍醐」が発展した。
その後、応仁の乱など戦乱で下醍醐は荒廃し、五重塔のみが残された。しかし豊臣秀吉による「醍醐の花見」をきっかけに、紀州などから寺院建築が移築されたり三宝院が建設され今日の姿となった。
下醍醐
本尊薬師如来を安置する「金堂」、「三宝院」などを中心に、絢爛な大伽藍が広がる。応仁の乱でほぼ全焼し、その後も焼失・再建を繰り返しているが、護摩道場前に建つ五重塔は創建当時のまま現在に残る。五重塔内部の壁画も国宝に指定されており、壁画中の空海像は同人の肖像として現存最古のものである。
上醍醐
西国三十三所第11番札所。西国一険しい札所として知られ、上り口にはかつて女人結界があったことから、女人堂がおかれ、そこから険しい山あいに、平安時代のままに残る国宝の薬師堂、醍醐寺の鎮守神である清瀧権現拝殿（国宝）、准胝堂（現存せず）、五大堂などが立ち並ぶ。
上醍醐には有名な「醍醐水」が今も湧き出ているほか、醍醐山頂（標高450m）には、如意輪堂（重文）と開山堂（重文）と白山大権現が並ぶ。
山頂から笠取山に向かう途中に奥の院がある。