三亜の名称は「三亜河」（旧称: 臨川水）に由来する。三亜の東西から流入する川が合流しY字となっていたことより三亜と命名された。
三亜が中原の支配を受けるようになったのは前漢のことである。秦代には崖州が設置されていたが、実際の支配は武帝により南越国が滅亡された後の前110年に臨振県が設置された後である。その後臨振郡、崖州、珠崖軍、吉陽軍、崖州と名称の変遷があった。明代の『正徳瓊台志』には既に「三亜村」、「三亜里」の的記載が登場している。清末の1905年（光緒31年）に崖州は直隷州となり万安・陵水・昌化・感恩の四県を管轄するようになった。
中華民国が成立すると1912年に直隷州は廃止され、崖県が設置され県治が三亜に設置され、三亜が地域の中心として発展するようになった。1984年5月に崖県は県級市の三亜市に昇格、更に1987年11月に地級市に昇格し現在に至っている。
かつては中国と東南アジアとの間の海路の中継点にあたる場所であり海上交通中継地・軍事上の要地ともされたが、同時に中原政権にとり辺境に位置する三亜は歴代王朝により流刑地として使用されていた。歴史的にリー族やミャオ族が多く、その他イスラム教を信仰する回族も一定数いるが、中国全土からの人口流入により漢族が人口の大半を占めるにいたっている。